Edificata agli inizi del secolo XVI per rivestire la funzione che ne determina ancora oggi il nome, la Dogana segnava la frontiera fra il territorio fiorentino e quello lucchese. Nel corso dei secoli è andata incontro a numerosi interventi trasformativi e ne è stata più volte cambiata la destinazione. In età moderna la palude lambiva gli immediati paraggi dell’edificio, che fu per lungo tempo un importantissimo snodo commerciale dotato di un attracco per le imbarcazioni. La zona umida – già trasformata in lago nel 1436 e poi, nuovamente, da Cosimo I circa un secolo dopo – garantiva infatti un collegamento sicuro per gli cambi fra l’entroterra pistoiese e la costa tramite l’Arno. Adibita dunque a infrastruttura portuale e a sito di stoccaggio di beni e attrezzature agricole, nell’ambito dei primi allivellamenti dei beni medicei la Dogana fu venduta nel 1675 al marchese Feroni insieme ai beni della prospiciente fattoria Settepassi, conservando però le proprie funzioni. Il declino del commercio fluviale ne ha determinato la perdita di importanza, la trasformazione in sede di botteghe e abitazioni private ed il graduale abbandono. Dopo alcuni passaggi di proprietà è stata acquistata dal comune di Ponte Buggianese nel 1999.

Nell’estate del 1944 la furia nazifascista colpì con particolare ferocia il territorio comunale di Ponte Buggianese. Episodi sanguinosi avevano già scosso le comunità di Albinatico e Fattoria nel mese di luglio, con alcune vittime civili, ma fu il 23 agosto che si verificarono gli eventi più significativi, che interessarono in particolar modo le località di Pratogrande e Capannone. A pochi metri dalla dogana, in via Piaggione, una lapide commemora 5 vittime che furono momentaneamente seppelliti in questo luogo stante il divieto delle autorità tedesche di trasportare i corpi al cimitero comunale. Nel piazzale della Dogana, a fianco dell’edificio, sulla parete della vecchia chiesa del Capannone fu murata una lapide – apposta su iniziativa del Circolo Ricreativo Assistenza Operaia di Anchione nell’immediato dopoguerra – che riporta i nomi di 30 persone uccise nel territorio pontigiano durante l’eccidio.

La Dogana, solitamente chiusa al pubblico, è visitabile in occasione di assemblee pubbliche, presentazioni di libri ed altre iniziative promosse dal comune di Ponte Buggianese. Ristrutturata nel 2015, oltre al centro di Documentazione dell’Eccidio ospita al proprio interno anche l’Ospitale della via Francigena, che transita non lontano da questa località.